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Se realizó un estudio en el Centro Provincial de Genética Médica de Guantánamo con el objetivo de evaluar el Programa de diagnóstico prenatal de las malformaciones congénitas, a través de la cuantificación de la alfafetoproteína en suero materno, para ello se revisaron los registros provinciales de resultados de las determinaciones de alfafetoproteína en suero materno en los años 2007-2013, presentes en el Centro Provincial de Genética Médica de Guantánamo, para determinar el comportamiento del programa. La cobertura del programa de alfafetoproteínas se comportó en el 98.6 %, el índice de positividad estuvo en un 7.8 %, la causa más frecuente de alfafetoproteínas elevado fue el error en la edad gestacional, las malformaciones más frecuentes diagnosticadas por ultrasonido fueron los Defectos de cierre del Tubo Neural (DTN) seguidos de los Defectos de Pared Anterior (DPA). Existió buena cobertura del programa de diagnóstico prenatal de malformaciones congénitas por cuantificación de alfafetoproteínas en el período estudiado.